アークスVには致命的なバグがいくつか存在します。
フラグ管理がうまくいかなかったのが原因のようです。
確認できたものは
1.特定のアイテムがイベント終了後にもなくならない
  これは光輝腕輪、リデアスの手帳、廃坑の鍵の3つが該当します。
  リデアスの手帳はイベントの進め方によってはなくなることもあるようです。

2.イベントのフラグが初期化されてしまう。
  はっきりいって致命的なバグです。
  これが発生したら始めからやり直すハメになります。
  リスターバ等でダンジョンを脱出した時に発生するのが代表例ですが
  実は法則があります。
  ダンジョンでイベントを終了させないまま脱出した場合とフラグを立てずに
  先に進めた場合の2通りです。

  ダンジョンでイベントを終了させないまま脱出した場合
  ダンジョンで目的地まで到達する前にイベントが発生する箇所があります。
  その後のイベントを終了させないままダンジョンを脱出すると発生します。
  実際に発生したケース 
  ・ゼノン廃坑でリュガインを倒した後にイベントが発生します。
   直後にダンジョンを脱出するとフラグが初期化されました。
  ・ミリュウ宝物殿でイベント発生後にヴィド・シアを倒さずに
   ダンジョンを脱出するとフラグが初期化されました。
  ・ミリュウの聖域でイベント発生後にヴィド・シアを倒さずに
   ダンジョンを脱出するとフラグが初期化されました。
  
  フラグを立てずに先に進めた場合
  実際に発生したケース
  ・地下水脈でリデアスの手帳を手に入れないでグージェミンに到達する。
   グージェミンに入れるがフラグが初期化されました。
  
  フラグが初期化されたかどうかは菩提樹に行けば判別できます。
  会話がスタート直後のものになっていればフラグが初期化されています。
  
  念のためにセーブはきちんとしておいて下さい。
  EGG版はETEL0008.SAVというファイルがセーブデータなのでバックアップをとって
  おくことを勧めます。